迷异事物部门
文件概览：迷异事物基金会的任务在收容，记录以及利用。虽然有相同的目标，但要实现仍需各种各样不同的方法。这推动了多个部门的建立，每个都专精不同的任务工作，学科，或领域。
下文列出了一些相对著名的部门
行政管理
INK议会（Inkwell Nexus-of Knowledge）
概述： INK议会是基金会行政管理系统中的监督者议会，统辖所有站点间的人事调度、预算审批、档案密级裁定与跨部门仲裁。其决议无需经过任何次级会议复核，直接写入站点全局协议。
INK议会成员不参与日常事务管理且有意避开任何与异常的接触，但若其确要选择干预，将会是一锤定音。INK议会成员的具体编号，身份，以及职务均为高度机密。
研究开发
谜异异常研究部（Department of Anomalous Research）
概述： 异常研究部是谜异事物部门旗下规模最大的理论科研集群，统辖一切与异常现象的本质探究、机制拆解与理论建模相关的学术活动。该部门不直接参与收容作业，但每一份收容协议的修订与更新，在递交INK议会审批前均须经由研究部的实证复核。
研究部的日常工作覆盖异常物理、逆模因学、本质促动理论、现实稳定力学及超形上学等共计十七个收录在案的正式学科方向，另有不少于九个子领域因涉及未解明认知危害而被列为“观察中”状态，仅限四级及以上人员查阅。该部门下辖Site-MY-34的全部地上实验室及Site-MY-19的深地测试场，并与Site-MY-██的残存离线数据库保持只读同步。
人员构成： 研究部正式编制的研究员共计███人，其中持有博士学位者占比超过八成，其余人员为来自相关领域的技术专家与实验助理。所有研究员均须通过INK议会主持的“异常理论资质统考”方可独立立项，未通过者须在资深研究员督导下以见习身份工作至下一考核周期。
研究员按专业方向被编入代号为“Λ-系”“Ξ-系”“Π-系”的三个理论集群，三大集群轮流承担季度性异常假说评审会。评审会的结论虽不具直接行政效力，但INK议会在裁定涉及高复杂度异常的项目预算时，会优先采纳评审会的否决意见。
历史记录： 研究部有记载的争议性结论共计六次，其中三次被后续实验证实，两次因测试条件不足被搁置，一次引发针对本质促动模型的全面修订——该次修订直接导致了Site-MY-██第三层实验室的永久封闭，至今未有重启计划。
研究部曾有两任部门主任因“过度依赖理论推演而忽视实践验证”被INK议会调离，其后继者规定所有理论成果在发布前须至少完成三组独立实证校验，否则不予归档。
不进行任何主动实验，仅限被动观测。